A ocupação do Japão por grupos humanos remonta ao Paleolítico, portanto, a data oficialmente mais aceita para a primeira presença humana no arquipélago é de 35.000 a.C.., quando povos caçadores-coletores chegaram às ilhas vindos do continente através de istmos. As primeiras ferramentas japonesas de pedra lascada datam de 35.000 a.C., as de pedra polida datam de 30.000 a.C., as mais antigas do mundo. Ainda não se sabe por que essas ferramentas surgiram tão cedo no Japão. E foi em 1985 que mergulhadores fizeram descobertas de estruturas submersas em Yonaguni-jima, em Okinawa. Muitos historiadores, arqueólogos e cientistas foram atraídos até o sítio arqueológico, onde realizaram estudos para o cálculo da idade destes monumentos. Chegaram a conclusão que os monumentos têm mais de 11.000 anos de idade,as mais antigas do mundo. Os cientistas confirmam que esses monumentos encontrada submersa na costa do Japão é a evidência de que pode ter existido uma civilização desconhecida, anterior a Idade da Pedra. A primeira cultura cerâmica e civilização a se desenvolver no Japão foi o povo nômade Jomon[10][11] que não desenvolveu a agricultura ou criação de animais. Entre 250 a.C.e250, a cultura nômade Yayoi a substituiu vinda de Kyushu trazendo o cultivo do arroz,[12] as ferramentas de metal e a confecção de roupas.[13]O Japão foi unificado pela primeiravez no século IV pelo Povo Yamato[11] e logo empreendeu a conquista da península da Coréia no final do século. Nos séculos seguintes a competição por cargosno governo enfraqueceu gradativamente o domínio japonêssobre a Coréia até o século VI. Em 552, o budismo foi introduzido no país trazido da Coréia servindo como arma política contra o crescente poder dos sacerdotes.[10] Após a morte do imperador Shotoku em 622 e um período de guerras civis, o imperador Kotoku deu início a reforma Taika que criaria um Estado com poderes concentrados nas mãos do Imperador rodeado por uma burocracia à semelhança da Dinastia Tang na China. Em 710, a capital japonesa foi transferida de Asuka para Nara, réplica da capital chinesa da época, dando início a um novo período da história japonesa no qual a cultura e a tecnologia chinesa tiveram maior influência e o budismo difundiu-se com a criação de templos por parte do imperador nas principais prefeituras.[14]Invasão Mongol em 1274 e 1281 repelido com sucesso.Mais tarde acapital seria novamente transferida para Heian-kio, a moderna Quioto, e se daria o rompimento entre o imperador Kammu e os monges budistas. A partir daí se estabeleceria a escritajaponesa e uma nova literatura. É nesse período de paz que surge a classe dos samurais como guarda da corte.[10][11] Contudo as disputas surgidas entre os clãs guerreiros Taira no Kiyomori e Minamoto no Yoritomo levaram à nova guerra civil que só teve fim em 1185 com a ascensão de Minamoto. Este estabeleceria o governo do xogunato em Kamakura enquanto em Quioto a corte era mantida de forma simbólica. Novo período de paz e enriquecimento cultural e material se estabeleceu até uma nova tentativa mal sucedida de restauração da autoridade imperialfeita pelo Imperador Go-Daigo.O surgimento dos daimyo de base local, enfraqueceu o xogunato e esse enfraquecimento levou a Guerra Onin entre 1467 e 1477 entre os Kosokawa e os Yamana que deu fim ao xogunato. Sem uma autoridade central, os daimyos, agora com autoridade absoluta em seus domínios, deraminício a um período de guerras que só terminaria entre 1550 e 1560 com a conquista dos demais domínios por Oda Nobunaga.[10] Foi durante o século XVI que comerciantes e missionários portugueses chegaram ao Japão pela primeira vez, dando início a um intenso período de trocas culturais e comerciais.No Japão, os portugueses praticaram o comércio e a evangelização. Os Missionários, principalmente os Padres da Companhia de Jesus, levaram a cabo um intenso trabalho de missionação e em cerca de 100 anos de presença Portuguesa no Japão a comunidade Cristã no paíschegou a ascender a cerca de um milhão de Católicos.Toyotomi Hideyoshi deu continuidade ao governo de Nobunaga e unificou o país em 1590. Depois da morte de Hideyoshi, Tokugawa Ieyasu como regente aproveitou-se de sua posição para ganhar apoio político e militar. Quando a oposição deu início a uma guerra, ele a venceu em 1603 na Batalha de Sekigahara.Tokugawa fundou um novo xogunato com capital em Edo e expulsou os portugueses e restantes estrangeiros, dando início à perseguição dos católicos no país, tidos como subversivos, com uma política conhecida comosakoku. A perseguição aos cristãos japoneses fez parte desta política, levando esta comunidade à conversão forçada ou mesmo à morte, como é o caso dos 26 Mártires do Japão.Grupos de portugueses, incluindo omissionário Francisco Xavier, século XVII, Japão.Esta política deixou o país isolado por 250 anos até a chegada de navios americanos com Matthew Calbraith Perry em 31 de Março de 1854 exigindo a abertura do país ao comércio.
